MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis strain D/13-96

Total Repeats: 22984

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022119	GCC	2	6	4	9	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_022119	TGC	2	6	62	67	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_022119	ATT	2	6	74	79	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022119	CGA	2	6	96	101	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_022119	TC	3	6	224	229	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_022119	TAT	2	6	238	243	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022119	AG	3	6	246	251	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022119	GAA	2	6	285	290	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022119	AGA	2	6	314	319	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_022119	AGA	2	6	368	373	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_022119	CAA	2	6	441	446	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_022119	AATG	2	8	465	472	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022119	TTG	2	6	584	589	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022119	CTC	2	6	613	618	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_022119	GAT	2	6	675	680	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_022119	GAT	2	6	729	734	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_022119	GAAGGA	2	12	759	770	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_022119	ATG	2	6	792	797	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022119	CTAT	2	8	799	806	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_022119	CCT	2	6	951	956	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_022119	CTT	2	6	1012	1017	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_022119	CAG	2	6	1077	1082	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_022119	TGA	2	6	1138	1143	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_022119	A	6	6	1202	1207	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_022119	AAG	2	6	1219	1224	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_022119	TGG	2	6	1235	1240	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_022119	CTT	2	6	1242	1247	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_022119	T	7	7	1246	1252	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_022119	A	6	6	1257	1262	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_022119	AAGG	2	8	1308	1315	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_022119	ATG	2	6	1335	1340	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532423943
32	NC_022119	GTG	2	6	1341	1346	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532423943
33	NC_022119	TCC	2	6	1350	1355	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532423943
34	NC_022119	AGC	2	6	1364	1369	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532423943
35	NC_022119	T	6	6	1383	1388	0 %	100 %	0 %	0 %	532423943
36	NC_022119	AGC	2	6	1391	1396	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532423943
37	NC_022119	AAG	2	6	1402	1407	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532423943
38	NC_022119	TAC	2	6	1440	1445	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532423943
39	NC_022119	GCT	2	6	1450	1455	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532423943
40	NC_022119	AGTA	2	8	1488	1495	50 %	25 %	25 %	0 %	532423943
41	NC_022119	AAC	2	6	1548	1553	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532423943
42	NC_022119	AGA	2	6	1560	1565	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532423943
43	NC_022119	T	6	6	1638	1643	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022119	TAA	2	6	1650	1655	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022119	T	7	7	1660	1666	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022119	TC	3	6	1669	1674	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_022119	A	6	6	1732	1737	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022119	AGA	2	6	1816	1821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532423944
49	NC_022119	ATC	2	6	1823	1828	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532423944
50	NC_022119	TGC	2	6	1843	1848	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532423944
51	NC_022119	ATGA	2	8	1892	1899	50 %	25 %	25 %	0 %	532423944
52	NC_022119	GATA	2	8	1930	1937	50 %	25 %	25 %	0 %	532423944
53	NC_022119	CAT	2	6	1967	1972	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532423944
54	NC_022119	AGA	2	6	1996	2001	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532423944
55	NC_022119	AAG	2	6	2025	2030	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532423944
56	NC_022119	GGA	2	6	2060	2065	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532423944
57	NC_022119	AG	3	6	2152	2157	50 %	0 %	50 %	0 %	532423945
58	NC_022119	ATC	2	6	2189	2194	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532423945
59	NC_022119	TTTC	2	8	2227	2234	0 %	75 %	0 %	25 %	532423945
60	NC_022119	ATA	2	6	2339	2344	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532423945
61	NC_022119	AAC	2	6	2364	2369	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532423945
62	NC_022119	GGT	2	6	2418	2423	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532423945
63	NC_022119	AAT	2	6	2524	2529	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532423945
64	NC_022119	TTC	2	6	2559	2564	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532423945
65	NC_022119	GCA	2	6	2578	2583	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532423945
66	NC_022119	GGA	2	6	2626	2631	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532423945
67	NC_022119	CAG	2	6	2645	2650	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532423945
68	NC_022119	GTT	2	6	2662	2667	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532423945
69	NC_022119	GGT	2	6	2754	2759	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532423945
70	NC_022119	GA	3	6	2820	2825	50 %	0 %	50 %	0 %	532423945
71	NC_022119	T	6	6	2827	2832	0 %	100 %	0 %	0 %	532423945
72	NC_022119	AAG	2	6	2912	2917	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532423945
73	NC_022119	ATT	2	6	2974	2979	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532423945
74	NC_022119	TTG	2	6	3026	3031	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532423945
75	NC_022119	CATG	2	8	3108	3115	25 %	25 %	25 %	25 %	532423945
76	NC_022119	AAG	2	6	3137	3142	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532423945
77	NC_022119	AAG	2	6	3152	3157	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532423945
78	NC_022119	CAG	2	6	3194	3199	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532423945
79	NC_022119	GCT	2	6	3265	3270	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532423945
80	NC_022119	TGTGA	2	10	3280	3289	20 %	40 %	40 %	0 %	532423945
81	NC_022119	TTCC	2	8	3413	3420	0 %	50 %	0 %	50 %	532423945
82	NC_022119	AAG	2	6	3431	3436	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532423945
83	NC_022119	CAG	2	6	3481	3486	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532423945
84	NC_022119	GGA	2	6	3568	3573	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532423945
85	NC_022119	AAT	2	6	3578	3583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532423945
86	NC_022119	TTGAA	2	10	3636	3645	40 %	40 %	20 %	0 %	532423946
87	NC_022119	ATT	2	6	3658	3663	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532423946
88	NC_022119	TGA	2	6	3688	3693	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532423946
89	NC_022119	TTTA	2	8	3811	3818	25 %	75 %	0 %	0 %	532423946
90	NC_022119	GTA	2	6	3920	3925	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532423946
91	NC_022119	GAGAA	2	10	3930	3939	60 %	0 %	40 %	0 %	532423946
92	NC_022119	AGA	2	6	3967	3972	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532423946
93	NC_022119	ATCC	2	8	4111	4118	25 %	25 %	0 %	50 %	532423946
94	NC_022119	GAA	2	6	4151	4156	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532423946
95	NC_022119	CGT	2	6	4283	4288	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532423946
96	NC_022119	A	7	7	4327	4333	100 %	0 %	0 %	0 %	532423946
97	NC_022119	GTT	2	6	4334	4339	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532423946
98	NC_022119	GAAAA	2	10	4367	4376	80 %	0 %	20 %	0 %	532423946
99	NC_022119	A	7	7	4373	4379	100 %	0 %	0 %	0 %	532423946
100	NC_022119	TGA	2	6	4471	4476	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532423946
101	NC_022119	AT	3	6	4513	4518	50 %	50 %	0 %	0 %	532423946
102	NC_022119	TTACA	2	10	4522	4531	40 %	40 %	0 %	20 %	532423946
103	NC_022119	TTG	2	6	4566	4571	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532423946
104	NC_022119	TTC	2	6	4707	4712	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532423946
105	NC_022119	TCT	2	6	4799	4804	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532423946
106	NC_022119	AGA	2	6	4819	4824	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532423946
107	NC_022119	GTT	2	6	4846	4851	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532423946
108	NC_022119	GACG	2	8	4858	4865	25 %	0 %	50 %	25 %	532423946
109	NC_022119	GGT	2	6	4894	4899	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532423946
110	NC_022119	AAAGCT	2	12	4940	4951	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	532423946
111	NC_022119	TTGG	2	8	4961	4968	0 %	50 %	50 %	0 %	532423946
112	NC_022119	CTC	2	6	4998	5003	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532423946
113	NC_022119	AGC	2	6	5029	5034	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532423946
114	NC_022119	GCA	2	6	5054	5059	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_022119	A	6	6	5065	5070	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_022119	AGA	2	6	5081	5086	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_022119	ATT	2	6	5146	5151	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532423947
118	NC_022119	TCT	2	6	5164	5169	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532423947
119	NC_022119	GCT	2	6	5210	5215	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532423947
120	NC_022119	GTCTT	2	10	5216	5225	0 %	60 %	20 %	20 %	532423947
121	NC_022119	GAT	2	6	5245	5250	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532423947
122	NC_022119	TC	3	6	5261	5266	0 %	50 %	0 %	50 %	532423947
123	NC_022119	GA	3	6	5272	5277	50 %	0 %	50 %	0 %	532423947
124	NC_022119	ACG	2	6	5283	5288	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532423947
125	NC_022119	GAA	2	6	5307	5312	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532423947
126	NC_022119	TGGA	2	8	5320	5327	25 %	25 %	50 %	0 %	532423947
127	NC_022119	AT	3	6	5376	5381	50 %	50 %	0 %	0 %	532423947
128	NC_022119	AGA	3	9	5384	5392	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532423947
129	NC_022119	GCT	2	6	5393	5398	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532423947
130	NC_022119	AGA	2	6	5402	5407	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532423947
131	NC_022119	TGG	2	6	5438	5443	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532423947
132	NC_022119	AGA	3	9	5456	5464	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532423947
133	NC_022119	GGA	2	6	5465	5470	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532423947
134	NC_022119	TG	3	6	5529	5534	0 %	50 %	50 %	0 %	532423947
135	NC_022119	T	6	6	5607	5612	0 %	100 %	0 %	0 %	532423947
136	NC_022119	TCA	2	6	5650	5655	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532423947
137	NC_022119	GGA	2	6	5687	5692	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532423947
138	NC_022119	CTTT	2	8	5697	5704	0 %	75 %	0 %	25 %	532423947
139	NC_022119	CTT	2	6	5747	5752	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532423947
140	NC_022119	CTG	2	6	5753	5758	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532423947
141	NC_022119	CAG	2	6	5908	5913	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532423947
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143	NC_022119	GCA	2	6	5946	5951	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532423947
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146	NC_022119	GGAG	2	8	6303	6310	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
147	NC_022119	CTT	2	6	6359	6364	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_022119	AG	3	6	6411	6416	50 %	0 %	50 %	0 %	532423948
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157	NC_022119	GA	3	6	6995	7000	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
158	NC_022119	A	6	6	7010	7015	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_022119	TATTT	2	10	7031	7040	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_022119	ATTT	2	8	7093	7100	25 %	75 %	0 %	0 %	532424783
161	NC_022119	TTA	2	6	7151	7156	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532424783
162	NC_022119	ATTT	2	8	7184	7191	25 %	75 %	0 %	0 %	532424783
163	NC_022119	GAA	2	6	7200	7205	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532424783
164	NC_022119	ATG	2	6	7236	7241	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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173	NC_022119	A	6	6	7966	7971	100 %	0 %	0 %	0 %	532423949
174	NC_022119	T	6	6	8051	8056	0 %	100 %	0 %	0 %	532423949
175	NC_022119	TTC	2	6	8157	8162	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532423949
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179	NC_022119	ACC	2	6	8429	8434	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532423950
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199	NC_022119	GAG	2	6	9107	9112	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532423950
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206	NC_022119	TATT	2	8	9308	9315	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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255	NC_022119	TAG	2	6	11192	11197	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
256	NC_022119	AGAA	2	8	11202	11209	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
257	NC_022119	CTT	2	6	11242	11247	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
258	NC_022119	TA	3	6	11248	11253	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
259	NC_022119	TCA	2	6	11279	11284	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
260	NC_022119	T	6	6	11299	11304	0 %	100 %	0 %	0 %	532423953
261	NC_022119	AG	3	6	11309	11314	50 %	0 %	50 %	0 %	532423953
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266	NC_022119	TAT	2	6	11601	11606	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532423953
267	NC_022119	T	6	6	11606	11611	0 %	100 %	0 %	0 %	532423953
268	NC_022119	ACA	2	6	11612	11617	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532423953
269	NC_022119	TAG	2	6	11711	11716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532423953
270	NC_022119	AAGAA	2	10	11804	11813	80 %	0 %	20 %	0 %	532423953
271	NC_022119	A	6	6	11819	11824	100 %	0 %	0 %	0 %	532423953
272	NC_022119	TA	3	6	11869	11874	50 %	50 %	0 %	0 %	532423953
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274	NC_022119	TAC	2	6	11905	11910	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532423953
275	NC_022119	TCA	2	6	11912	11917	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532423953
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283	NC_022119	ATA	2	6	12473	12478	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532423953
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404	NC_022119	AGA	2	6	18376	18381	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
405	NC_022119	CT	3	6	18387	18392	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
406	NC_022119	TCT	2	6	18403	18408	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
407	NC_022119	AAT	3	9	18423	18431	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
408	NC_022119	CT	3	6	18435	18440	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
409	NC_022119	TCT	2	6	18451	18456	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
410	NC_022119	TGCG	2	8	18511	18518	0 %	25 %	50 %	25 %	532423959
411	NC_022119	TGC	2	6	18579	18584	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532423959
412	NC_022119	TC	3	6	18635	18640	0 %	50 %	0 %	50 %	532423959
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414	NC_022119	GA	3	6	18749	18754	50 %	0 %	50 %	0 %	532423959
415	NC_022119	ACT	2	6	18761	18766	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532423959
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432	NC_022119	AG	4	8	19501	19508	50 %	0 %	50 %	0 %	532423959
433	NC_022119	TTTG	2	8	19521	19528	0 %	75 %	25 %	0 %	532423959
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439	NC_022119	AAT	2	6	19780	19785	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532423959
440	NC_022119	AAG	2	6	19823	19828	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532423959
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442	NC_022119	T	6	6	19884	19889	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
443	NC_022119	T	6	6	19891	19896	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
444	NC_022119	TAA	2	6	19919	19924	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532423960
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459	NC_022119	A	6	6	20539	20544	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
460	NC_022119	GGA	2	6	20596	20601	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
461	NC_022119	AGA	3	9	20636	20644	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
462	NC_022119	GA	3	6	20659	20664	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
463	NC_022119	TGG	2	6	20855	20860	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
464	NC_022119	AAC	2	6	20894	20899	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
465	NC_022119	AGC	2	6	20911	20916	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
466	NC_022119	GCCA	2	8	21005	21012	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
467	NC_022119	TGA	2	6	21112	21117	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
468	NC_022119	AG	3	6	21176	21181	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
469	NC_022119	TCC	2	6	21229	21234	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
470	NC_022119	CT	3	6	21245	21250	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
471	NC_022119	CGCT	2	8	21253	21260	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
472	NC_022119	TTAA	2	8	21274	21281	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
473	NC_022119	GTTA	2	8	21311	21318	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
474	NC_022119	GATC	2	8	21366	21373	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
475	NC_022119	AAT	2	6	21405	21410	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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477	NC_022119	A	6	6	21496	21501	100 %	0 %	0 %	0 %	532423961
478	NC_022119	CTTTTT	2	12	21529	21540	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	532423961
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487	NC_022119	TCT	2	6	22064	22069	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532423961
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492	NC_022119	AT	3	6	22496	22501	50 %	50 %	0 %	0 %	532423961
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